為了水果玉米種子的食用品質，在種植時應嚴格與其他普通玉米品種進行隔離，避免因互粉而降低品質。隔離方法主要是采用空間隔離和時間隔離。以空間隔離為主。
（1）空間隔(ge)(ge)離(li)：在種植300~400米范圍內(nei)，是不可(ke)以進行種植其他種子的，進行嚴格(ge)的隔(ge)(ge)離(li)，隔(ge)(ge)離(li)物可(ke)以選擇使用樹木、丘陵、山崗(gang)等等天然屏障。

（2）時間(jian)隔離(li)：如果不(bu)能采用(yong)空間(jian)隔離(li)，萬不(bu)得(de)已的情況下，可使用(yong)時間(jian)隔離(li)技術，簡(jian)單(dan)的說就是交錯(cuo)播(bo)種(zhong)時間(jian)，避免與其他花種(zhong)相遇。如果大面積種(zhong)植(zhi)甜玉米，可以適當降低隔離(li)標準。