玉米種子實際上是果實，其中一些種子的頂部幾乎是圓形的，籽粒平滑，如硬粒玉米。有些是平的，頂部是凹的，比如馬齒型玉米；有的表面皺縮，如甜玉米；一些籽粒是橢圓形，較似稻米粒，如爆裂玉米等。1000粒重通常約為300克，較低的僅超過100克，較高的可達到400克以上。顏色有黃色、白色、紫色、紅色、花等多樣。
玉米種子由種皮、胚乳和胚組成。種皮在種子外面，對胚和胚乳有保護作用，占粒重的6%～8%。胚乳位于種皮中，占種子重量的80%-85%，含有大量淀粉和蛋白質。它是種子貯藏和營養的“倉庫”，其主要功能是從種子萌發到第三片葉子前提供幼苗生長所需的營養。胚胎位于種子一側的下部，扁平或凹陷，盡管它的重量僅占種子重量的10%-15%，但它是種子的生命中心，具有帶有根、莖和葉的“胚胎”。種子發芽后，發育成玉米植株。胚胎的營養價值非常高。大約83.5%的玉米油包含在胚胎中。因此，胚大的玉米含油量高。