小麥種子從收獲到播種，處于高溫、大雨和儲糧害蟲頻繁發生的時期。小麥種子的妥善儲存應做到三防。
一、防混雜：對于未經加工和包裝的羊毛種子，在貯藏和干燥過程中容易造成品種混亂。正確的方法是進行單次干燥、單次貯存和標記。一旦出現混亂，就即作“轉商”處理。 
二、防霉變：小麥種子在貯藏過程中，水分過多、溫度過高容易引起霉變，影響種子的發芽率。安全貯存條件為含水量≤12 %，常溫貯存。
三、防蟲蛀：危害小麥種子的害蟲種類很多，但玉米象鼻蟲和小麥蛾是最常見的害蟲。目前，主要的控制方法是化學控制。磷化鋁或磷化鋅片常用于封閉熏蒸。劑量為每500公斤3-4粒(每片4克)，倉內熏蒸為每立方米
5克左右。